Здание вокзала построено в 1897—1901 годах в рамках строительства Московско-Виндаво-Рыбинской железной дороги (ныне Рижское направление МЖД) по проекту петербургского архитектора С. А. Бржозовского, автора Витебского вокзала Санкт-Петербурга. Строительство вокзала велось под руководством архитектора Ю. Ф. Дидерихса, наблюдение за строительством осуществлял Ф. О. Дворжецкий-Богданович. Изначально существовало две отдельные станции: пассажирская и грузовая. До 1929 года они назывались Москва-Пассажирская Балтийская и Москва-Товарная Балтийская соответственно. В 1929 году переименованы в Москва-Пассажирская Ржевская и Москва-Товарная Ржевская. В 1963 году объединены в одну станцию Москва-Ржевская. В том же году станция переименована в Москва-Рижская. В 1999 году оборудована турникетами.
В связи с небольшой загрузкой Рижского и Савёловского вокзалов в начале 2000-х годов предлагалось их закрыть, перевести пригородные поезда на другие вокзалы (рассматривались и варианты создания новых терминалов) и ликвидировать подъездные железнодорожные пути. Эти планы не были реализованы. Наша команда была привлечена для разработки конструктивной части проекта реконструкции здания вокзала в связи программой реконструкции зданий вокзалов г. Москвы. В процессе реконструкции была изменена технология вокзала, заменены или усилены несущие, не являющиеся предметом охраны. на фасаде провели бережную реставрацию.
